которого был полностью секвенирован. Существует программа, по которой к
2010 году планируется определить функции всех генов этого растения.Новосибирск, 2008
FindSlide.org - это сайт презентаций, докладов, шаблонов в формате PowerPoint.
Email: Нажмите что бы посмотреть
Новосибирск, 2008
Сверхзадача информационной биологии в области исследований данного объекта: Разработка методов и компьютерного обеспечения, позволяющего воспроизвести развитие данного организма in silico
Цель и задачи исследования:
Накопление и транспорт ауксина:
Новосибирск, 2008
Паттерны распределения и накопления ауксина в побеге и корне;
Зеленым обозначены места накопления ауксина
H. Tanaka et al., 2006
Friml et al., 2003
Karin Ljung, 2002
Расчёты модели:
Процентное содержание различных форм ауксина (ИУК) в клетке:
По оси y-проценты
По оси x-форма ИУК
Новосибирск, 2008
Exp- экспериментальные данные
Ферменты, которые осуществляют реакции конъюгации ИУК с аминокислотами, кодируются белками семейства GH3, которые кодируются ауксин индуцируемыми генами. Эти ферменты входят в суперсемейство люцифераз (Staswick et al., 2002). Также известно, что ауксин быстро и мимолётно индуцирует накапливание, по крайней мере, трёх семейств транскриптов: SMALL AUXIN-UP RNAs (SAURs), GH3-связанные транскрипты и члены семейства AUXIN/INDOLE-3-ACETIC ACID (Aux/IAA).
Новосибирск, 2008
Мутанты арабидопсиса trp3-1 и trp2-1 имеют нарушения в Trp синтазах a and b, соответственно (Last et al., 1991; Radwanski et al., 1996). Мутанты данных типов накапливают содержание амидных форм ауксина (Normanly et al., 1993; Ouyang et al., 2000), несмотря на низкий уровень триптофана (Muller and Weiler, 2000a; Ouyang et al., 2000)…в кукурузе, однако, Trp синтаза a может действовать без b субъединицы для того, чтобы производить индол, который преобразуется в определённые «защитные» вещества (Frey et al., 1997, 2000; Melanson et al., 1997) или, возможно, в ауксин.
Новосибирск, 2008
* - A.W. Woodward and B.Bartel. Auxin: Regulation, Action, and Interaction. Annals of Botany, 95: 707–735, 2005
Новосибирск, 2008
Сердечковидная стадия развития меристемы побега
(Friml et al.,2003)
Новосибирск, 2008
Новосибирск, 2008
Внутренние параметры «клетки» модели:
n=|i - k| + |j - m|
Aida M., Ishida T., Tasaka M. (1999). Shoot apical meristem and cotyledon formation during Arabidopsis embryogenesis: Interaction among the CUP-SHAPED COTYLEDON and SHOOT MERISTEMLESS genes. Development. 119. 823–831
Результаты моделирования.
Мутантное развитие зародыша:
Новосибирск, 2008
мутация II видам:
Модель: пороговое значение параметра К у Promeristem (меньше)
Организм: clv3-2
мутация I вида:
Модель: чувствительность Promeristem к Signal of Differentiation (больше), чувствительность L2, L3 к Stem Signal (меньше)
Организм: cuc1 cuc2
В развивающейся АМП
Новосибирск, 2008
Параметр транспорта сигнала дифференцировки*
Кол-во клеток
Распределение относительного максимума ауксина, полученное с помощью модели
Новосибирск, 2008
Распределение относительного максимума ауксина, полученное с помощью модели
Новосибирск, 2008
Выводы:
Выводы:
Выводы: