Шығыс Қазақстан облысы аумағында орналасқан. Солтүстігінен Нарын мен Күршім,
оңтүстігінен Сауыр – Тарбағатай жоталарының сілемдерімен қоршалған тектоникалық қазаншұңқырда жатыр. Көл теңіз деңгейінен 395 м биіктікте. Жағалауы жайпақ. Тектоникалық бөген көлдер типіне жатады. Зайсанға Қара Ертіс өзені құяды да, Ертіс (АқЕртіс) ағып шығады. Өзеннің жалғасы көл табанындағы ені 2 км, тереңдігі 10 м-ге дейін баратын ұзынша ор түрінде байқалады.