к молодому царю Алексею Михайловичу и произвёл на него
хорошее впечатление. Царь велел Никону остаться в Москве, а Патриарху Иосифу — посвятить его в архимандриты Новоспасского монастыря.
После он начал ездить к царю во дворец каждую пятницу для бесед и совета не только по духовным делам, но и по государственным.
11 марта 1649 был возведён в сан митрополита Новгородского и Великолуцкого Патриархом Иерусалимским Паисием, бывшим тогда в Москве.
15 апреля 1652, в Великий четверг, умер Патриарх Иосиф.
В начале июля 1652 года в Москву были доставлены мощи святого митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря — инициатором перенесения мощей в столицу был Новгородский митрополит Никон, который получает предложение царя Алексея Михайловича о замещении патриаршего престола перед гробницею святителя.
25 июля 1652 года Никон был торжественно возведён на престол патриархов Московских и Всероссийских. Во время интронизации Никон вынудил царя дать обещание не вмешиваться в дела Церкви.
Алексей Михайлович и Никон перед гробницей святителя Филиппа