Марийского областного исполнительного комитета Советов рабочих, крестьянских и красноармейских
депутатов принял постановление об организации Марийского научно-исследовательского института. 16 сентября того же года постановление было утверждено Нижегородским крайисполкомом.
Торжественное открытие института состоялось 1 октября 1930 года на первом расширенном заседании Ученого совета. 25 октября 1930 года Мароблисполком утвердил Устав института, согласно которому задачами института стало изучение естественных богатств, экономики, культуры и быта Маробласти.
В институте было создано три отдела: экономики, природы, культуры и быта. Разместился он в здании бывшего лесного музея. Директором МарНИИ был назначен Мухин В.А.
В первые годы работы не хватало квалифицированных кадров, и неоценимую поддержку институту оказывали научные центры Казани, Москвы, Ленинграда и Горького.
Уже в первые годы своей работы (1930-1931) институт провел 35 научных экспедиций. Первая научная сессия, на которой обсуждались проблемы экономики, здравоохранения, культуры состоялась 25-28 января 1931 года.
С 1932 по 1937 годы было опубликовано 5 монографий, 2 сборника статей и десятки статей в различных изданиях страны. В 1937 году была проведена первая языковедческая конференция.
В этом же году МарНИИ был преобразован в Институт социалистической культуры с секторами языка, литературы, искусства и истории. С этого времени основным в работе института стало гуманитарное направление.
Многопрофильность института и недостаток квалифицированных кадров затрудняли организацию его работы, поэтому в феврале 1937 года постановлением Президиума Мароблисполкома он был преобразован в институт социалистической культуры с секторами: языка, литературы, искусства, истории.
Сталинские репрессии конца 30-х годов коснулись и работников МарНИИ, был репрессирован первый директор института В.А.Мухин. В годы Великой Отечественной войны многие сотрудники института ушли на фронт. Не вернулись с войны Ефремов Г.З., Каликеев М.М., Лашманов П.И., Першуткин П.Г.
В августе 1941 года МарНИИСК временно был закрыт. В августе 1943 года, когда фашистской Германии был нанесен сокрушительный удар, возобновилась деятельность института. В структуру секторов были внесены некоторые коррективы. Сектора института, в которых работало 11 человек, стали называться: языка, литературы и фольклора, искусства, истории и этнографии.
В 50-70-е годы институт достиг значительных успехов в разработке проблем гуманитарных наук. Вышли в свет коллективные исследования по истории, литературе, составлены русско-марийский и орфографический словари, грамматика марийского языка. В этот период проводятся ежегодные научные экспедиции по всем направлениям работы института. Сотрудники института принимают участие в работе региональных, всесоюзных и международных конференций.
Институт становится известным не только в средневолжском регионе, но и в СССР, и за рубежом. Начинается сотрудничество с учеными финно-угорских республик страны, с учеными Финляндии и Венгрии.
К 1980 году институтом опубликовано более 200 научных изданий, а в 1981 году институт награждается орденом «Знак Почета». В июле 1983 года институту присвоено звание В.М.Васильева.
МарНИИ является координационным центром научно-исследовательской работы в республике. Он поддерживает тесную связь с головными научными учреждениями Академии наук СССР, обменивается изданиями с Венгерской Академией наук, Будапештским университетом. Академией наук Финляндии, Финно-угорским обществом, Туркуским университетом. Институт располагает уникальной научной библиотекой, рукописным фондом, фонотекой. Ежегодно проводит различного рода экспедиции в районах республики и за ее пределами.
В настоящее время МарНИИЯЛИ исследует широчайший спектр проблем гуманитарных наук, прежде всего, по марийской и финно-угорской тематике. Критериями определения направлений исследований являются их актуальность и социальная значимость. Главная задача института – сохранение и развитие исторического наследия, традиций и культуры марийского народа и народов населяющих Республику Марий Эл.