Что такое findslide.org?

FindSlide.org - это сайт презентаций, докладов, шаблонов в формате PowerPoint.


Для правообладателей

Обратная связь

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Яндекс.Метрика

Презентация на тему Репликация. Прокариоты

Содержание

ДНК-полимеразы E.coli: pol IА. Корнберг, 1956 г.I. R. Lehman, Maurice J. Bessman, Ernest S. Simms, and Arthur KornbergEnzymatic Synthesis of Deoxyribonucleic Acid: I. PREPARATION OF SUBSTRATES AND PARTIAL PURIFICATION OF AN ENZYME FROM ESCHERICHIA COLI //
РЕПЛИКАЦИЯ.ПРОКАРИОТы ДНК-полимеразы E.coli: pol IА. Корнберг, 1956 г.I. R. Lehman, Maurice J. Bessman, 1 – 323 (323 ак) - 5'-3'-экзонуклеаза324 – 517 (194 ак) - ДНК-полимеразы1975 г., классификация1990 г., новая номенклатура2000 г., Burgers P.M., Koonin E.V., Bruford 3D-СТРУКТУРА  ДНК-ПОЛИМЕРАЗДНК-полимераза фага RB69(PDB-код 3QEP) B-семействоДНК-полимераза β человека(PDB-код 3QEP) X-семействоДНК-полимераза Dpo4 3D-СТРУКТУРА  ДНК-ПОЛИМЕРАЗD, Asp, аспарагиновая кислотаSteitz, T. A. (1998) Nature 391, 231-232 ДНК-полимеразы E.coli: pol Ipol I отвечает за застройку брешей:после выщепления RNAase H РНК-праймеров или вследствие ник-трансляции ДНК-полимеразы E.coli: pol IIT. Корнберг (1948 г.), 1970 г. Kornberg T, Gefter ML ДНК-полимеразы E.coli: pol IIIT. Корнберг (1948 г.), 1971 г. Kornberg T, Gefter ML ДНК-полимеразы E.coli: pol III СХЕМА РЕПЛИКАЦИИСхема непрерывной параллельной репликации in vivo по Кэрнсу, 1963 г.радиоавтографрадиоавтографинтерпретацияинтерпретация СХЕМА РЕПЛИКАЦИИСхема антипараллельной репликации in vivo по ОказакиOkazaki R, Okazaki T, Sakabe СХЕМА РЕПЛИКАЦИИСхема специфической модели in vivo по КорнбергуA. Kornberg Active Center of СХЕМА РЕПЛИКАЦИИСхема непрерывной антипараллельной синхронной репликации in vivo по МоргануA. Morgan Model
Слайды презентации

Слайд 2 ДНК-полимеразы E.coli: pol I
А. Корнберг, 1956 г.
I. R.

ДНК-полимеразы E.coli: pol IА. Корнберг, 1956 г.I. R. Lehman, Maurice J.

Lehman, Maurice J. Bessman, Ernest S. Simms, and Arthur

Kornberg
Enzymatic Synthesis of Deoxyribonucleic Acid: I. PREPARATION OF SUBSTRATES AND PARTIAL PURIFICATION OF AN ENZYME FROM ESCHERICHIA COLI // J. Biol. Chem. 1958 233: 163-170.

-) 928 аминокислот;
-) 103 кДа;
-) ген polA;
-) моносубъединичный процессивный фермент (25-50 нт);
-) семейство А;
-) 3 доменная структура (2 экзонуклеазный + 1 полимеразный);
-) точность синтеза 10-4-10-5;
-) cкорость синтеза 10-20 нт/сек;
-) копийность ~ 400 мол/клетку.


Слайд 4 1 – 323 (323 ак) - 5'-3'-экзонуклеаза
324 –

1 – 323 (323 ак) - 5'-3'-экзонуклеаза324 – 517 (194 ак)

517 (194 ак) - 3'-5'-экзонуклеаза
521 – 928 (408 ак)

– полимераза
324 – 928 (605 ак ) – фрагмент Кленова

1970-1976 гг.

ДНК-полимеразы E.coli: pol I


Слайд 5 ДНК-полимеразы
1975 г., классификация
1990 г., новая номенклатура
2000 г., Burgers

ДНК-полимеразы1975 г., классификация1990 г., новая номенклатура2000 г., Burgers P.M., Koonin E.V.,

P.M., Koonin E.V., Bruford E., Blanco L., Burtis K.C.,

Christman M.F. Copeland W.C.,
Friedberg E.C., Hanaoka F., Hinkle D.C., Lawrence C.W., Nakanishi M., Ohmori H., Prakash L.,
Prakash S., Reynaud C.A., Sugino A., Todo T., Wang Z., Weill J.C., Woodgate R.
Eukaryotic DNA polymerases: proposal for a revised nomenclature
J Biol Chem. 2001. V. 276. P. 43487 43490

Функциональная специфичность, 5 классов: ДНК- и РНК-

Гомология и структурная специфичность, 6 семейств: A, B, C, D, X, Y

A, B, X, Y

A семейство pol I: E.Coli, Bacillus, ДНК-полимераза T.aquaticus, Т7 (РНК- и ДНК-), pol γ
B семейство pol α: репликативные ДНК-полимеразы эукариот, Т4 и RB69
C: RT, теломераза, РНК-зависимые РНК-полимеразы, pol III
D: эвриархеоты
X: репаративные ДНК-полимеразы эукариот, TdT
Y: специализированные ДНК-полимеразы эукариот, вирусные и ретровирусные полимеразы,
pol IV, pol V


Слайд 6 3D-СТРУКТУРА ДНК-ПОЛИМЕРАЗ
ДНК-полимераза фага RB69
(PDB-код 3QEP)
B-семейство
ДНК-полимераза β

3D-СТРУКТУРА ДНК-ПОЛИМЕРАЗДНК-полимераза фага RB69(PDB-код 3QEP) B-семействоДНК-полимераза β человека(PDB-код 3QEP) X-семействоДНК-полимераза Dpo4

человека
(PDB-код 3QEP)
X-семейство
ДНК-полимераза Dpo4 S.solfataricus
(PDB-код 1JX4)
Y-семейство
ДНК-полимераза HIV-1

RT, ВИЧ
(PDB-код 2HMI)
C-семейство

ДНК-полимераза Taq T. Aquaticus
(PDB-код 1TAQ)
А-семейство


Слайд 8 3D-СТРУКТУРА ДНК-ПОЛИМЕРАЗ
D, Asp, аспарагиновая кислота
Steitz, T. A.

3D-СТРУКТУРА ДНК-ПОЛИМЕРАЗD, Asp, аспарагиновая кислотаSteitz, T. A. (1998) Nature 391, 231-232

(1998) Nature 391, 231-232 – D705, D882
Gangurde R et

al. (2000) J Biol Chem 275, 19685-92 –
D705, E710, D882 или D705, D882, E883

E, Glu, глутаминовая кислота

E.Coli
Klenow pol I


Слайд 9 ДНК-полимеразы E.coli: pol I
pol I отвечает за застройку

ДНК-полимеразы E.coli: pol Ipol I отвечает за застройку брешей:после выщепления RNAase H РНК-праймеров или вследствие ник-трансляции

брешей:
после выщепления RNAase H РНК-праймеров или вследствие ник-трансляции


Слайд 10 ДНК-полимеразы E.coli: pol II
T. Корнберг (1948 г.), 1970

ДНК-полимеразы E.coli: pol IIT. Корнберг (1948 г.), 1970 г. Kornberg T, Gefter

г.
 Kornberg T, Gefter ML DNA synthesis in cell-free extracts

of a DNA polymerase-defective mutant // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1970, 40(6): 1348–55;
Kornberg T, Gefter ML Purification and DNA synthesis in cell-free extracts: properties of DNA polymerase II // PNAS. 1971, 68(4): 761–4.

-) 783 аминокислоты;
-) 90 кДа;
-) ген polB, dinA;
-) моносубъединичный фермент;
-) семейство В;
-) 2 доменная структура (1 экзонуклеазный + 1 полимеразных = 2-783 ак);
-) имеет полимеразную, корректирующую и праймазную активности;
-) точность синтеза 2*10-6, частота внесения делеций 10-6;
-) скорость синтеза 0,5-1 нт/сек;
-) копийность ~ 30 – 50 → 350-1000 мол/клетку.


Слайд 11 ДНК-полимеразы E.coli: pol III
T. Корнберг (1948 г.), 1971

ДНК-полимеразы E.coli: pol IIIT. Корнберг (1948 г.), 1971 г. Kornberg T, Gefter

г.
 Kornberg T, Gefter ML Purification and DNA synthesis in

cell-free extracts: properties of DNA polymerase II // PNAS. 1971, 68(4): 761–4;
Gefter ML, Hirota Y, Kornberg T, Wechsler JA, Barnoux C. Analysis of DNA polymerases II and 3 in mutants of Escherichia coli thermosensitive for DNA synthesis // PNAS. 1971, 68(12):3150-3.

-) многосубъединичный фермент;
-) семейство С;
-) имеет полимеразную и корректирующую активности;
-) точность синтеза ~10-8 (скорость накопления мутаций за 1 раунд репликации Т4 , геном 168,903 bp , ~1,7 bp / 10-8 nt;
-) скорость синтеза 2-4 нт/сек;
-) копийность ~ 5 – 10 мол/клетку.


Слайд 13 ДНК-полимеразы E.coli: pol III

ДНК-полимеразы E.coli: pol III

Слайд 15 СХЕМА РЕПЛИКАЦИИ
Схема непрерывной параллельной репликации in vivo по

СХЕМА РЕПЛИКАЦИИСхема непрерывной параллельной репликации in vivo по Кэрнсу, 1963 г.радиоавтографрадиоавтографинтерпретацияинтерпретация

Кэрнсу, 1963 г.




радиоавтограф
радиоавтограф
интерпретация
интерпретация


Слайд 17 СХЕМА РЕПЛИКАЦИИ
Схема антипараллельной репликации in vivo по Оказаки
Okazaki

СХЕМА РЕПЛИКАЦИИСхема антипараллельной репликации in vivo по ОказакиOkazaki R, Okazaki T,

R, Okazaki T, Sakabe K, Sugimoto K, Sugino A.

Mechanism of DNA chain growth. I. Possible discontinuity and unusual secondary structure of newly synthesized chains // PNAS 1968, 59(2):598-605.

Sugimoto K, Okazaki T, Okazaki R. Mechanism of DNA chain growth, II. Accumulation of newly synthesized short chains in E. coli infected with ligase-defective T4 phages // PNAS 1968, 60(4):1356-62.

Рейджи Оказаки
1930-1975 гг.

Тцунеко Оказаки
1933г.


Слайд 21 СХЕМА РЕПЛИКАЦИИ
Схема специфической модели in vivo по Корнбергу
A.

СХЕМА РЕПЛИКАЦИИСхема специфической модели in vivo по КорнбергуA. Kornberg Active Center

Kornberg Active Center of DNA Polymerase // Science 1969,

163(3874): 1410-1418.

"The operations are localized and arranged in multiple sites within a single area of the molecule."


  • Имя файла: replikatsiya-prokarioty.pptx
  • Количество просмотров: 176
  • Количество скачиваний: 0