Эйя-фьорд расположен в северной части Исландии, к востоку от полуострова Трёдласкаги и выходит в Гренландское море. Длина фьорда составляет 60 километров, ширина его достигает 24 километров. Оканчивается Эйя-фьорд разделением в западном направлением на небольшие Хединс-фьорд и Олафс-фьорд.