Пройдя пролив, экспедиция направилась к берегам Азии.
«Южное море» Магеллан назвал Тихим океаном, «потому что, — как сообщает один из участников, — мы ни разу не испытали ни малейшей бури». Более трёх месяцев продолжался этот переход, за время которого часть экипажа, сильно страдавшего от голода и жажды, погибла, на кораблях было состояние близкое к мятежу.
Весной 1521 года Магеллан достиг островов у восточного побережья Азии, позже названных Филиппинскими. Преследуя цель подчинения местного населения испанской короне, Магеллан вмешался в спор двух местных правителей и был убит в сражении 27 апреля. Раджа острова Себу, только что присягнувший на верность королю Испанию, воспользовался этим и заманил испанцев на торжественный обед, где устроил резню и убил несколько десятков человек. Кораблям пришлось срочно отплыть. Отсутствие опытного руководителя дало себя знать. Почти у цели флотилия потратила несколько месяцев чтобы достичь Молуккских островов.