в городе Елабуга Вятской губернии. Происходил из древней вятской
семьи Шишкиных, был сыном купца Ивана Васильевича Шишкина.В 12 лет был определён в ученики 1-й казанской гимназии, но, дойдя в ней до 5-го класса, оставил её и поступил в Московское училище живописи, ваяния и зодчества. Окончив курс этого заведения, с 1857 продолжал своё образование в Петербуржской Академии Художеств, где числился учеником профессора С. М. Воробьёва.