Его отец Валериан Петрович, по происхождению литовец, в армейской
карьере дослужился до генерал-лейтенанта артиллерии. Мать Елизавета Тимофеевна, дочь новгородского священника, выбрала путь провинциальной оперной певицы .После первого курса юридического факультета Петербургского университета Добужинский пытался было поступить в Петербургскую Академию Художеств, но не был принят и занимался в частных студиях до 1899 г., закончив университет, поехал за границу и продолжил художественные занятия в студиях Мюнхена.