- Главная
- Разное
- Бизнес и предпринимательство
- Образование
- Развлечения
- Государство
- Спорт
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Религиоведение
- Черчение
- Физкультура
- ИЗО
- Психология
- Социология
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Геометрия
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Что такое findslide.org?
FindSlide.org - это сайт презентаций, докладов, шаблонов в формате PowerPoint.
Обратная связь
Email: Нажмите что бы посмотреть
Презентация на тему Геномные проекты
Содержание
- 2. Третье поколение – одномолекулярные секвенаторыИмя им - легион
- 3. Helicos Короткие чтенияПрямое секвенирование РНК, Секвенирование без ПЦРРаботающие одномолекулярные секвенаторы
- 4. Helicos
- 5. Рacific biosciences Очень длинные чтения Секвенирование без ПЦРВысокое число ошибок – до 10%Рacific biosciences
- 6. Рacific biosciences – повышение точности
- 7. Oxford nanopore minIONИзмерение силы тока, проходящего через каждую нанопору – пикоА.
- 8. Oxford nanopore minIONДлинные чтенияВысокий уровень ошибок – до 15%Систематические ошибки – до 3-5%
- 9. Микрочиповые технологии анализа генома и транскриптомаМикрочипы –
- 10. Микрочиповые технологии анализа генома и транскриптома
- 11. Структурная геномика изучает последовательность нуклеотидов в геноме,
- 12. Типы геномных проектовСеквенирование de novoИсследование ранее не
- 13. Целевое секвенирование (Targeted resequencing) — секвенирование небольшого
- 14. Schook et al., 2005Геномный проект de novo
- 15. Вот так и выглядят гигабазы коротких последовательностейАнализ данных в геномном проекте de novo
- 16. Статистика современных геномных проектовПо публикациям
- 17. Метагеномика – структурная или функциональная
- 18. Ресеквенирование геномаРесеквенирование генома различных пород курпозволило выделить
- 19. Секвенирование экзомаЭкзом – совокупность всех кодирующих частей
- 20. Целевое ресеквенирование - панели генов для анализа
- 21. ChIP-Seq — полногеномный анализ взаимодействий
- 22. Анализ генома одной клетки (Single-cell sequencing)
- 23. Single cell transcriptome
- 24. Скачать презентацию
- 25. Похожие презентации
Третье поколение – одномолекулярные секвенаторыИмя им - легион
Слайд 3
Helicos
Короткие чтения
Прямое секвенирование РНК,
Секвенирование без ПЦР
Работающие
одномолекулярные секвенаторы
Слайд 5
Рacific biosciences
Очень длинные чтения
Секвенирование без ПЦР
Высокое число
ошибок – до 10%
Рacific biosciences
Слайд 8
Oxford nanopore minION
Длинные чтения
Высокий уровень ошибок – до
15%
Систематические ошибки – до 3-5%
Слайд 9
Микрочиповые технологии анализа генома и транскриптома
Микрочипы – стеклянные
пластинки с иммобилизоваными короткими фрагментами ДНК
А) на основе длинных
фрагментов НКБ) олигонуклеотидные
- короткие
- средней длины
- синтез in situ
С) Чипы Infinium c достройкой 1 п.н.
Слайд 11 Структурная геномика изучает последовательность нуклеотидов в геноме, определяет
границы и строение генов, межгенных участков, промоторов, энхансеров и
др.Функциональная геномика идентифицирует функцию каждого гена и участка генома, их взаимодействие в клеточной системе.
Эволюционная геномика объясняет пути эволюции геномов, происхождение генетического полиморфизма и биоразнообразия
Направления геномных проектов
Слайд 12
Типы геномных проектов
Секвенирование de novo
Исследование ранее не секвенированного
генома
Метагеномный проект
Секвенирование суммарной ДНК, выделенной из определённого местообитания, с
целью определения видового разнообразия и представленности различных микроорганизмов.Ресеквенирование генома
Для выполнения обязательно необходима референсная геномная последовательность. Получаемый результат в основном не может выйти за пределы референсной последовательности
Ресеквенирование экзома
Секвенирование всей совокупности или целевой части кодирующих последовательностей генома
Слайд 13
Целевое секвенирование (Targeted resequencing) — секвенирование небольшого количества
выбранных генов
Полногеномное изучение ДНК-белковых взаимодействий
СhIP-Seq, ChIA-PET, 4-C, др.
Изучение регуляторных районов геновТранскриптомный проект
Исследование транскриптома - всего пула мРНК.
Single-cell genome\transcriptome
Стартовым материалом является единичная клетка или хромосома
Типы геномных проектов
Слайд 14
Schook et al., 2005
Геномный проект de novo как
совокупность подпроектов
А) Секвенирование транскриптома
Б) Секвенирование Shotgun-библиотек с расчётным 3х
покрытием, использование библиотек с встройками 3 kb, 10 kb и 50 kbВ) Создание и секвенирование ВАС-библиотек с расчётным 3х покрытием
С) Комбинирование данных при биоинформатическом анализе
Слайд 15
Вот так и выглядят гигабазы коротких последовательностей
Анализ данных
в геномном проекте de novo
Слайд 18
Ресеквенирование генома
Ресеквенирование генома различных пород кур
позволило выделить гены,
изменённые в ходе селекции
2010 г. – завершён проект
«тысяча геномов», для каждого персонального генома человека секвенировано около 85% последовательности.
Слайд 19
Секвенирование экзома
Экзом – совокупность всех кодирующих частей генов.
Около 1% от всего генома. Часто включают функционально важные
фланкирующие и регуляторные последовательности – тогда занимает до1.5-2%
Экзом может быть полным либо частичным
Слайд 20
Целевое ресеквенирование - панели генов для анализа мутаций
Ion
AmpliSeq Comprehensive Cancer Panel
Экзоны 409 генов-супрессоров, онкогенов и регуляторных
белков: регуляторы апоптоза, репарации ДНК, ростовые и транскрипционные факторы~16,000 в 4-х смесях, мультиплексирование на чип IonProton 4 образца при 1000х покрытии
Ключевая особенность — возможность существенной автоматизации анализа для конечного пользователя
