Гнездится в глухих влажных лесах, перемежающихся с открытыми пространствами.
Избирает места, где много влажных полян, бочагов, в этих местах обитают гадюки и ужи, за которыми охотится змееяд. Гнезда использует много лет подряд, откладывает 1, редко 2 яйца. На территории Костромской области по оценкам специалистов (Кузнецов,1996)обитает 1, 2 пары змееядов. Находится под угрозой исчезновения.
Причины исчезновения: вырубка леса, браконьерство, низкая плодовитость, уменьшение числа рептилий, основной пищи змееяда.