- Главная
- Разное
- Бизнес и предпринимательство
- Образование
- Развлечения
- Государство
- Спорт
- Графика
- Культурология
- Еда и кулинария
- Лингвистика
- Религиоведение
- Черчение
- Физкультура
- ИЗО
- Психология
- Социология
- Английский язык
- Астрономия
- Алгебра
- Биология
- География
- Геометрия
- Детские презентации
- Информатика
- История
- Литература
- Маркетинг
- Математика
- Медицина
- Менеджмент
- Музыка
- МХК
- Немецкий язык
- ОБЖ
- Обществознание
- Окружающий мир
- Педагогика
- Русский язык
- Технология
- Физика
- Философия
- Химия
- Шаблоны, картинки для презентаций
- Экология
- Экономика
- Юриспруденция
Что такое findslide.org?
FindSlide.org - это сайт презентаций, докладов, шаблонов в формате PowerPoint.
Обратная связь
Email: Нажмите что бы посмотреть
Презентация на тему Системная биология - модели
Содержание
- 2. системная биология - моделипотоковыелинейное программированиеэкспериментыВиткупПалссон – необычные источникиПалссон – мутантыкинетические – метаболизмрегуляторные
- 3. Потоковые модели – стационарное состояниеЗадаем список реакций
- 4. Уравнения баланса
- 5. Пространство решений
- 6. Что получается (кишечная палочка)заведомо таким образом можно
- 7. мутантыфенотип предсказывается хорошо – но не надо
- 8. кинетические моделисистема дифференциальных уравнений, описывающих реакции их (изолированного) пути
- 9. пример (абстрактный)
- 10. система уравнений
- 11. разные виды кинетических уравнений
- 12. пример (реальный) – синтез лизина в Corynebacterium glutamicum
- 13. кинетические уравненияфосфоенолпируват карбоксикиназапируват карбоксилазаL-аспартат амино- трансфераза
- 14. проблемысложно как вычислительно, так и (главное) содержательноосновные
- 15. результатыпри аккуратной работе удается предсказать эффект мутаций,
- 16. кинетический анализ регуляциито же самое, только меряют концентрации факторов транскрипции, образующих регуляторную сетьнет хороших результатов
- 17. Скачать презентацию
- 18. Похожие презентации
системная биология - моделипотоковыелинейное программированиеэкспериментыВиткупПалссон – необычные источникиПалссон – мутантыкинетические – метаболизмрегуляторные
Слайд 2
системная биология - модели
потоковые
линейное программирование
эксперименты
Виткуп
Палссон – необычные источники
Палссон
– мутанты
Слайд 3
Потоковые модели –
стационарное состояние
Задаем список реакций (стехиометрические соотношения)
Задаем
балансы метаболитов (синтезируется столько же, сколько расходуется)
Задаем другие ограничения
(состав среды)Максимизируем производство биомассы (её состав задан) или чего-то еще (АТФ)
Это сводится к задаче линейного программирования: выпуклый многогранник задан линейными ограниченими типа равенств (балансы) и неравенств (положительные потоки), надо максимизировать линейный функционал
Слайд 6
Что получается (кишечная палочка)
заведомо таким образом можно предсказать
принципиальные ограничения на выход продукта – полезно для биотехнологии
Удовлетворительно
предсказываются потоки в стационарном состоянииесли лимитирует углерод
если лимитирует азот – хуже
потоки при необычном источнике углерода предсказываются хуже
но хорошо после того, как на этом источнике жило много поколений – приспособление за счет регуляции?
Слайд 7
мутанты
фенотип предсказывается хорошо – но не надо было
огород городить, достаточно рассмотреть топологию карты метаболических путей (если
в результате мутации сильно удлинились пути до необходимых метаболитов, скажем, входящих в биомассу, то такой мутант не живет)к тому же тут внутреннее противоречие – данные о реакциях принципиально неполны, пропущенная (отсутствующая в списке) реакция полностью эквивалентна мутации
и впрямь, находили новые реакции (в кишечной палочке)
потоки предсказываются плохо, но:
надо смотреть не глобальный экстремум, а точку в многограннике, ближайшую к старому экстремуму – тогда все правильно
приличные предсказания, если прошло много поколений – приспособления за счет регуляции?
Слайд 8
кинетические модели
система дифференциальных уравнений, описывающих реакции их (изолированного)
пути
Слайд 13
кинетические уравнения
фосфоенолпируват карбоксикиназа
пируват карбоксилаза
L-аспартат
амино-
трансфераза
Слайд 14
проблемы
сложно как вычислительно, так и (главное) содержательно
основные проблемы
помимо вычислительной сложности
неустойчивые системы диф. ур.
много параметров, часто не
известныхоценка параметров
прямая (редко)
косвенная – подгон решений под известный ответ (например, по зависимости концентраций веществ) – минимизация отклонения
правила гигиены: оставить часть экспериментальных данных (не использовать при подгонке), потом проверить, насколько хорошо они воспроизводятся
Слайд 15
результаты
при аккуратной работе удается предсказать эффект мутаций, оптимизировать
систему, предсказать эффект замены ферментов (изменения констант, снятия ингибирования
и т.п.)
Слайд 16
кинетический анализ регуляции
то же самое, только меряют концентрации
