щит Новгородского княжества, к которому принадлежала территория современной Вологодской
области. По краю щита тянется российский триколор, это означает, что национальный парк - организация федерального значения и был создан Постановлением Правительства Российской Федерации. Изображение птицы скопы и орхидеи венериного башмачка (оба занесены в Красную Книгу РФ) говорит о том, что приоритетной деятельностью является охрана растительного и животного мира. Четыре башенки на зеленом фоне символизируют 4 архитектурных памятника, находящихся на территории парка в естественном природном окружении.