000 рек и около 2700 озёр, прудов и водоёмов.
Богаты подземные водные источники. Крупнейшие реки: Белая (Агидель) и её притоки Уфа, Дёма, Сим, Нугуш, Уршак, Ашкадар Стерля. Наибольшее количество озёр находится в зауральской части республики. Почти все озёра Башкирского Зауралья имеют продолговатую форму и вытянут параллельно горным хребтам. Озёра эти обильны рыбой (до 40 видов). Среди озёр западной части региона наиболее крупными являются: Аслыкуль и Кандрыкуль . Леса занимают более 40 % территории республики. В Предуралье это смешанные леса, в западном предгорье, горных районах и Башкирском Зауралье расположены сосново-лиственные, берёзовые леса и темнохвойная тайга. В Предуралье также распространены лесостепи с берёзовыми и дубовыми лесами, разнотравно-ковыльные степи, помимо этого степи простираются в зауральских районах. Почвы, в основном, серые лесные, чернозёмные, дерново-подзолистые.