II основала в Москве и Петербурге Воспитательные дома для
сирот и «зазорных» (незаконнорожденных) младенцев, при которых были учреждены Сохранная и Ссудная кассы, где обращались казенные и частные капиталы благотворителей.
Когда доходы от воспитательных домов превысили расходы на их содержание, Мария Федоровна решила употребить этот избыток на «благотворение страждущему человечеству»: в обеих столицах были устроены знаменитые Вдовьи дома и две больницы для бедных, названные после смерти их основательницы Мариинскими. Чуть позднее была создана и больница для бедных и в Москве. Ей была отведена окраинная Божедомка с хорошей рощей для прогулок. В 1806 году состоялось торжественное открытие Московской больницы для бедных (ныне расположенной по адресу: ул. Достоевского, 4). Церковь располагалась в самом центре главного корпуса, словно его сердце, занимая по высоте оба этажа. Рассчитанная на 200 человек, она была устроена так, чтобы больные могли слушать службу из своих палат.