Евгений Александрович Никонов родился в 1920 году в селе Васильевка Ставропольского района Самарской области в семье крестьянина. Русский. Родители Александр Фёдорович Никонов и Ксения Фроловна Сорокина. Отец участвовал в Первой мировой войне, затем в Гражданской войне.