Презентация на тему Построение филогенетических деревьев

через число аминокислотных замен на сайт в год, приблизительно

постоянна и одинакова в разных филогенетических линиях, если только функция и третичная структура этого белка остаются в основном неизменными.

котором два соседних узла соединены только одним ребром.

— ещё и длину ветвей

последовательности => нужно проверить с помощью Blast
Затем нужно выровнять

последовательности, и по получившемуся выравниванию, определить, какие последовательности включить в анализ

креветок.

их части эволюционируют (накапливая эволюционные замены) быстрее, чем более

важные
3. Мутационные замены, приводящие к меньшим нарушениям структуры и функции молекулы (консервативные замены), в ходе эволюции происходят чаще тех, которые вызывают существенное нарушение структуры и функции этой молекулы

и паралоги

геноме лучше, чем те, у которых множество копий.
Длина гена

не должна варьировать у разных организмов
Скорость изменения гена должна соответствовать скорости эволюции таксонов заданного уровня
Должны легко подбираться специфические праймеры

cyt b)
Хлоропластные гены
Гены домашнего хозяйства и некоторые другие ядерные

в зависимости от выбранной модели замен

— Bayesian information criteria. Не «любит» более сложные модели
DT

— decision theory
LRT — тест соотношения вероятностей. «Любит» более сложные модели.

отличаются между собой

внешней группы (контроля), дистанция от которой для всех остальных

последовательностей заведомо выше, чем от других.
Таким образом дерево «укореняется», а также внутри дерева убирается «шум»

считаем не настоящую дистанцию (расстояние), а редакционное расстояние.
Вычислительно более

быстрые.
В большинстве случаев оценивают только топологию дерева, не воспроизводя исходную последовательность.
Если у нас будет бесконечная последовательность, то мы с вероятностью 100% получим истинное дерево.

последовательности
Лучше работает на
небольших наборах
последовательностей
во многих случаях
на больших

объёмах
данных работает хуже.

с методами максимальной экономии, генерирует все возможные топологии деревьев
Предположение

особой модели эволюции
В отличие от метода максимальной экономии может предполагать разную скорость эволюции и скорость замен в разных ветвях дерева
Поиск дерева с максимальной вероятностью существования, соответствующего данным
Чем больше последовательность, тем вероятнее найти истинное дерево
Самые медленные

узла допустимы все четыре нуклеотида, значит всего 4*4=16 возможных

деревьев.
Каждое из деревьев это произведение вероятности возникновения какого-либо основания в корне дерева и вероятность его замены на тот, который в следующем узле. Т.е. частота нуклеотида умноженная на вероятность его мутации, если грубо.
A = 0.25 or средняя частота A в последовательности зависит от модели) ƒ A->C трансверсия = 10-6 and A->G транзиции = 2x10-6 ƒ
Вероятность T1 = 0.25 x 2x10-6 x 10-6 = 5x10-13
Вероятность всего дерева равна произведению вероятностей деревьев для каждой позиции в выравнивании