Бородин был послан изучать химию в немецкий город Гейдельберг
в лабораторию профессора Эмиля Эрленмейера.
Жизнь молодых ученых в Гейдельберге протекала в напряженной научной работе. А вечерами они собирались у друзей и предавались своему любимому занятию - музыке.
В Германии Александр Бородин познакомился с Екатериной Сергеевной Протопоповой, талантливой пианисткой и в 1863 году она стала его женой. Высоко ценя композиторский талант мужа, Екатерина Сергеевна имела на его творчество самое благотворное влияние.
Все свое время Александр Бородин делил между научным трудом, профессурой, музыкой и общественной деятельностью и всему этому он отдавался с одинаковым увлечением и любовью.
В 1862 году, вернувшись в Россию, Бородин был назначен профессором по кафедре химии в медико-хирургической академии, а с 1863 года профессором кафедры химии Лесной академии. С 1864 года — он ординарный профессор. С 1874 года — руководитель химической лаборатории, а с 1877 года — академик Медико-хирургической академии.