Презентация на тему Прогностическая эффективность биомаркеров

нравились не только нам,
но и в министерствах

России на 2007—2012 годы»
О чем это они?

0.9
Чувствительность = 0.7

vs. SP:
противоборство показателей
Маркер у всех,
и все больны!
SE=1,

Все без маркера,
и все здоровы! SE=0, SP=1

ориентируясь на маркер!
Берем
1 здорового и 1 больного
Без использования

Используем тест и носителя маркера объявляем больным

AUC>1/2, если OR>1

набором
показателей ассоциирования – r, OR, p и т.п.

Тревожные заголовки последних лет:

Маркеры с воспроизводимыми значимыми OR могут быть плохими классификаторами

Относительная полезность OR и RR

По ту сторону OR – риск заболеваемости на основе генетических профилей

Прогноз генетического риска – умеем ли мы уже это делать ?

…брешь между статистической значимостью и диагностической дискриминацией

Ограниченная полезность OR при использовании диагностических и прогностических маркеров

оправдались: эпоха GWAS буксует
Капля в океане:
«Bring on the biomarkers»

Нашествие биомаркеров

Good association is usually a necessary,
but not a sufficient, condition for good classification

George Poste, chief scientist at the Complex Adaptive Systems Initiative, and Regents professor of health innovation
at Arizona State University

«У меня 10-15 генов предрасположенности? В этой информации очень мало проку!»

раз тест сработал? Вероятность того, что случайно выбранный человек

Суперэффект!

У больных частота маркера в 10 раз выше, чем у здоровых:
OR=11, p=710-11

- почти монета!!!

Причина парадокса в низкой чувствительности теста:
50/500=0.1, т.е. только 10% больных
являются носителями маркера

Популяционное обследование:

Заболеваемость – 50%

pM
> 1-pM
Популяционная частота маркера
Разберемся в исходных понятиях:

II рода
Плоховато запоминается -
лучше частота маркера среди больных

рисков:
> RR
Не все эти показатели поддаются непосредственной оценке –

Во всех случаях можно оценить только отношение шансов!

подбора групп
Case-control study:
подбор групп «больные-здоровые»
Cohort study:
подбор групп «с

Основной вариант ассоциативных
исследований

Обычно «экспонированные - контроль»

Редкий вариант (дорого!)

Набираем выборку,
заранее не зная, кто
болен и кто носитель
маркера

в большинстве случаев в отношении pD и pM
имеется

Зная OR, pD и pM можно оценить все остальные показатели (например, относительный риск RR для case-control)

теста? .... Рассмотрим крайности:
На что можно рассчитывать, используя бинарный

В каждой клетке произведения вероятностей «встретить – не встретить»

Чувствительность и специфичность больше нуля даже в отсутствии ассоциаций

При OR > 1:
SE > pM и SP > 1-pM

OR (=5)
SE - pM
pM
pD
Чувствительность слегка убывает при увеличении

Чувствительность минус «чувствительность в отсутствии ассоциаций»

Чувствительность существенно зависит от частоты встречаемости маркера и произвольно мала для редких маркеров даже при больших OR

при фиксированном OR(=5)
Специфичность слегка возрастает при увеличении заболеваемости

Специфичность минус «специфичность в отсутствии ассоциаций»

точке SE=SP

и когда подобное происходит?
Возьмем крайний случай: OR=∞
даже при очень

При низкой частоте встречаемости маркера
тест прогностически неэффективен. Точнее …

AUC1/2
при pM0,
хотя OR=∞

50%
OR=11, но это не совсем относительный риск
(который показывает

для RR

распространенного заболевания (pD>0.1)
и редкого маркера (pM< 0.05)
Если

На самом деле только в 2.4 раза чаще

тест:
маркер является количественным показателем
После выбора порогового значения маркера
приходим

порог, чтобы соотношение
чувствительность/специфичность было оптимальным?

войны, который придумали операторы первых радарных установок
Как отличить шум

Современные применения ROC-анализа:

(1-SP)
при плавном изменении порога
Пороговое значение

Curve)
AUC = Вероятность того, что значение признака-маркера у случайно

U=N1·N2·AUC - непараметрический критерий Манна-Уитни

AUC – интегральный показатель
прогностической эффективности маркера

пороговое значение
При выборе этого этого порога, мы правильно идентифицируем

кандидататным генам у ликвидаторов аварии на ЧАЭС и в

кандидататным генам у ликвидаторов аварии на ЧАЭС и в

Репарация ДНК

Детоксикация ксенобиотиков

Оксидативный стресс, клеточный цикл

Рисковый генотип:
минорные аллели в сайтах XPD и функциональные аллели генов GST

Ассоциации с частотами аберраций для обеих выборок

в контрольной группе
Что можно считать повышенным уровнем хромосомных аберраций?

аберраций хромосомного типа
Хотя бы один минорный аллель в сайтах

Что есть норма?
Более половины из нас предрасположены к повышенной частоте аберраций хромосом!