Филиппинский крокодил считается эндемиком одноименного архипелага. До 1989 года эту рептилию отождествляли с новогвинейским крокодилом (Crocodylus novaeguinae), объединяя их в один вид, но в настоящее время крокодил, обитающий на Филиппинах признан самостоятельным видом.