плану Петра I и французского инженера Жозефа Ламбера де
Герена: 6 бастионов, соединённых куртинами, 2 равелина, кронверк (первоначально дерево-земляные, в 1730-е–1740-е и 1780-е годы одеты камнем). В 1703 году Заячий остров был соединён с Петроградской стороной Иоанновским мостом.В 1731 году на Нарышкином бастионе построили Флажную башню, на которой стали поднимать флаг (гюйс) (изначально флаг поднимался на Государевом бастионе). Флаг поднимался с утренней зарёй, опускался с вечерним закатом. С 1917 г. флаг не поднимался, но в 1990-е годы эту традицию возродили (сначала флаг поднимали и опускали, но впоследствии его стали постоянно держать на мачте).
С 1730-х годов появилась традиция отмечать полдень пушечным выстрелом с Нарышкина бастиона. Выстрел также отмечал начало и конец рабочего дня. Постоянно стали производить выстрел с 1873 года. В 1934 году выстрелы прекратили, но в 1957 году эту традицию возродили. В XIX веке на территории крепости с 11 до 12 часов дня играл оркестр. В 2005 году во флажной башне установили рояль, время от времени сюда для игры приглашают известных музыкантов.
В 1762–1766 годах в крепости был построен дом для ботика Петра I — «Дедушки русского флота» (бот был перевезён из Москвы в 1723 году, сначала для него был выстроен простой навес).