Миргороде в семье казака Луки Ивановича Боровиковского (1720—1775). Отец, дядя и братья
будущего художника были иконописцами. В молодости В. Л. Боровиковский учился иконописи под руководством отца.С 1774 года служил в Миргородском казачьем полку, одновременно занимаясь живописью. В первой половине 1780-х годов Боровиковский в чине поручика выходит в отставку и посвящает себя занятиям живописью. Пишет образа для местных храмов.
В 1770-х годах Боровиковский близко познакомился с В. В. Капнистом и выполнял его поручения по росписи интерьера дома в Кременчуге, предназначавшегося для приёма императрицы. Екатерина II отметила работу художника и повелела ему переехать в Петербург.
В 1788 году Боровиковский поселяется в Петербурге. В столице первое время жил в доме Н. А. Львова и познакомился с его друзьями — Г. Р. Державиным, И. И. Хемницером, Е. И. Фоминым, а также Д. Г. Левицким, который стал его учителем.
В 1795 году В. Л. Боровиковский удостоен звания академика живописи. С 1798 по 1820 гг. жил в доходном доме на Миллионной улице, 12.
Боровиковский умер 6 (18) апреля 1825 года в Петербурге, и был погребён на Петербургском Смоленском кладбище. В 1931 году прах был перезахоронен в Александро-Невской лавре. Памятник остался прежний - гранитный саркофаг на львиных ногах.
Своё имущество он завещал раздать нуждающимся.