Пинежский пещеры являются следствием мощных карстовых процессов, которые активно протекают на Беломоро-Кулойском плато. Именно из-за уникального карстового рельефа и был образован Пинежский заповедник, который на текущий момент занимается охраной и изучением уникального карстового рельефа.