E. coli в норме заселяет кишечник новорождённого ребенка
в течение 40 часов после рождения, поступая с пищей
или от лиц, контактирующих с ребёнком, и сохраняются на протяжении жизни на уровне 106—108 КОЕ/г содержимого толстой кишки. В ЖКТ кишечные палочки прилипают к слизистым оболочкам и являются основными представителями факультативных анаэробов у человека. Так как кишечные палочки не имеют бактериофагов, кодирующих факторы вирулетности, они являются комменсалами. По другим данным, микроорганизмы (в том числе, E. coli), начинают заселять человеческий организм ещё в утробе матери.