Слайд 4
Тандемные повторы
Тандемные повторы — последовательности повторяющихся фрагментов ДНК. В
зависимости от размера подразделяются на три класса:
Слайд 5
Сателлиты
Более половины генома человека представлено в разной степени
повторяющимися последовательностями или повторами. Они могут быть более или
менее равномерно распределены по геному (дисперсные повторы) или быть приуроченными к отдельным районам хромосом (консолидированные повторы). К числу последних относят так называемые сателлиты.
Слайд 6
Различия видов тандемных повторов
Слайд 7
Сателлитная ДНК
Сателлитная ДНК состоит из относительно коротких, высокоповторяющихся последовательностей.
Сателлитная
ДНК не кодирует белки
Слайд 8
Функция
Неизвестна.
Возможно, что сателлитные ДНК:
Оказывают влияние на кроссинговер во время мейоза
Выполняют
структурную функцию в хромосоме (так как локализуются в области
центромеры).
Участвуют в процессе расхождения хромосом (поскольку центромеры - это области, где при митозе и мейозе образуются кинетохоры, обеспечивающие движение хромосом).
Слайд 10
Локализация сателлитной ДНК
Сателлитная ДНК не кодирует белки и локализована в
конститутивном гетерохроматине хромосом (особенностью гетерохроматиновой ДНК является крайне низкая транскрибируемость).
Сателлитная ДНК характерна для
теломерных (концевые участки хромосом) и центромерных (принимает участие в соединении сестринских хроматид)областей хромосом.
Слайд 11
Центрифугирование ДНК
Тандемно повторяющиеся короткие последовательности часто образуют фракцию
с определенными физическими свойствами. Эти свойства могут быть использованы
для ее выделения.
Фракция характеризуется плавучей плотностью.
Слайд 12
Центрифугирование ДНК
Плавучую плотность обычно определяют при центрифугировании ДНК
в градиенте плотности CsCl.
В градиенте плотности CsCl можно
разделять фракции ДНК, плавучая плотность которых различается более чем примерно на 0,005 г*см^3. Эта разница соответствует различию в содержании (G—С)-пар
Слайд 13
Центрифугирование ДНК
Основной пик ДНК соответствует эукариотической ДНК
Дополнительный пик
(или пики) меньшего размера соответствуют сателлитной ДНК-сателлитам.
Слайд 14
Фракции сателлитной ДНК
Три основных пика сателлитной ДНК состоят
из обладающих большим сходством последовательностей. Замена одного нуклеотидного основания
достаточна для образования из фракции I сателлитной ДНК фракций II или III.
Основное свойство этих сателлитных ДНК-очень маленькая длина повторяющейся единицы: только 7 п.н.
Слайд 15
Центрифугирование ДНК в градиенте плотности CsCl
Слайд 16
МЕТОДЫ ВЫДЕЛЕНИЯ САТЕЛЛИТНЫХ ДНК
Слайд 17
МЕТОД ЭНДОНУКЛЕАЗНОЙ РЕСТРИКЦИИ
Слайд 20
ГЕНОМНАЯ САМОАМПЛИФИКАЦИЯ («self/priming»)
Слайд 21
Нуклеотидные последовательности сателлитной ДНК организмов
Одно из свойств многих
сателлитных ДНК-выраженная асимметрия в ориентации нуклеотидных пар двух цепей
ДНК.
Слайд 22
D. virilis
В каждой из основных фракций сателлитной
ДНК одна цепь существенно богаче основаниями Т и G.
Это увеличивает ее плавучую плотность, поэтому после денатурации тяжелая цепь (Н) может быть отделена от легкой цепи (L).
У Drosophila virilis имеются три основных типа сателлитной ДНК, а также скрытый сателлит, которые вместе составляют значительную часть генома, около 40%.
Слайд 23
Членистоногие
Сателлитная ДНК членистоногих состоит из очень коротких идентичных
повторов.
Обычно одна очень короткая повторяющаяся единица составляет более 90%
всех последовательностей сателлитной ДНК. Это облегчает определение ее нуклеотидной последовательности
Слайд 24
Млекопитающие
Сателлитная ДНК млекопитающих состоит из иерархически организованных повторов.
Преобладающая
короткая последовательность обычно составляет только небольшую часть копий. Другие
короткие последовательности отличаются от нее множеством замен оснований, делеций и вставок.