Что такое findslide.org?

FindSlide.org - это сайт презентаций, докладов, шаблонов в формате PowerPoint.

Для правообладателей

Обратная связь

Email: Нажмите что бы посмотреть 

Яндекс.Метрика

Презентация на тему Секвенирование

Содержание

План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение
Секвенирование План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение СЕКВЕНИРОВАНИЕСеквенирование — это определение нуклеотидной последовательности ДНК. Для секвенирования ДНК в настоящее время используют дидезоксинуклеотидный метод, или метод ≪обрыва СЕКВЕНИРОВАНИЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ ПО МЕТОДУ Сенгера СЕКВЕНИРОВАНИЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ Если у вас 50 000 или 1 000 000/ 1 000 000 План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение Технология чипов Технология чипов Технология чиповMassively Parallel Signature Sequencing (MPSS)Polony sequencing454 pyrosequencingIllumina (Solexa) sequencingSOLiD sequencingIon semiconductor Секвенирование Illumina: принцип метода1. ДНК фрагментируют и присоединяют к фрагментам адаптеры2. ДНК Секвенирование Illumina - принцип метода7. Через ячейку пропускают реагенты (флуоресцентно меченые терминированные Illumina (Solexa) sequencing Illumina (Solexa) sequencing1. Обнаружены точковые мутации при раке легкого (в сравнении со Высокопроизводительное пиросеквенирование (454)Самая первая из технологий NGS Секвенирование единичных молекул. Pacific Biosciences Стоимость полногеномного секвенирования. План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение Геном — совокупность наследственного материала, заключенного в клетке организма. Термин «геном» был предложен Иследования ДНК особенно интенсивно пошли со времени установления Рестриктазы – бактериальные ферменты, расщепляющие чужеродные ДНК в определённых последовательностях Начали возникать проекты по секвенированию (установление последовательности ) геномов отдельных видов 1980—1990 годы:постепенно, в молекулярной биологии выделился раздел, изучающий геном и гены = В 1988 г. на базе Национального Института Здравоохранения США 23 пары хромосом у человека, в сумме 46 хромосом2 метра ДНК3 миллиарда Проект «геном человека»выявлено не менее 1.5 миллиона мутаций, покоторым геномы людей отличаются друг от друга Проект «геном человека» Что дала геномика? oгромный объем информации по первичнымструктурам ДНК. понимание молекулярных механизмов План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение ПЕРВЫЕ ЛЮДИ С ИНДИВИДУАЛЬНЫМИ ПРОЧИТАННЫМИ ГЕНОМАМИ ЛюдейЖивотныхРастенийБактерийГеномные базы данных Наша геномная эра является свидетелем взрыва объема биологической информации доступной из-за автоматическая расшифровка нуклеотидных последовательностей -> ИНФОРМАЦИОННЫЙ ВЗРЫВ План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение Одним из механизмов генетического разнообразия является изменение «буквы» генетического кода (СНП - Для SNPs существует большое количество баз данныхdbSNPSNPediaGWAS CentralInternational HapMap ProjectMirSNPБольшинство генов в SNP могут быть причиной наследственных заболеваний:Некоторые заболевания: SNP используют как маркеры наследственных заболеваний:Некоторые заболевания: http://www.ebi.ac.uk/2can/bioinformatics/bioinf_realworld_1.htmlМолекулярная медицина:1. Поиск мишеней для конструирования лекарственныхмолекул2. Персонализированная медицина3. Профилактическая медицина4. Генная терапия Молекулярная медицина1. Персонализированная медицинаhttp://www.ornl.gov/hgmis/medicine/pharma.html2. Профилактическая медицинаhttp://www.ornl.gov/hgmis/medicine/genetest.html3. Генная терапияhttp://www.ornl.gov/hgmis/publicat/hgn/v10n1/15wilson.htmlhttp://www.fda.gov/fdac/features/2000/gene.htmlhttp://www.wiley.co.uk/genetherapy/clinical/http://cis.nci.nih.gov/fact/7_18.htmhttp://www.ornl.gov/hgmis/medicine/tnty.htmlhttp://www.faseb.org/opar/newsletter/jun98/junx5.html Археогенетика анализ ДНК, полученной из археологических останков (древней ДНК, англ. aDNA); анализ ДНК современных популяций Переселение народов(теории миграции) Анализ ДНК азиатских народовКаждый 12 монголец ♂– потомок Чингисхана Анализ Y-хромосом(казахи ♂ Прородители людей (Адам и Ева)Анализ Y-хромосомАнализ ДНК митохондрий
Слайды презентации

Слайд 2 План:

Принципы секвенирования
Секвенаторы третьего покаления
Геном, геномика
Современное положение секвенирования
Базы данных

План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение

секвенирования и их применение

Слайд 3 СЕКВЕНИРОВАНИЕ
Секвенирование — это определение нуклеотидной последовательности ДНК.

СЕКВЕНИРОВАНИЕСеквенирование — это определение нуклеотидной последовательности ДНК.

Слайд 4 Для секвенирования ДНК в настоящее время используют дидезоксинуклеотидный

Для секвенирования ДНК в настоящее время используют дидезоксинуклеотидный метод, или метод

метод, или метод ≪обрыва цепи≫


Метод разработан Ф. Сенгером в

1977 году.



В 1980 году американцам Ф.Сенгеру и У.Гилберту была присуждена половина Нобелевской премии ≪за вклад в определение последовательности оснований в нуклеиновых кислотах≫.

СЕКВЕНИРОВАНИЕ

Слайд 5 СЕКВЕНИРОВАНИЕ

СЕКВЕНИРОВАНИЕ

Слайд 6 СЕКВЕНИРОВАНИЕ ПО МЕТОДУ Сенгера

СЕКВЕНИРОВАНИЕ ПО МЕТОДУ Сенгера

Слайд 7 СЕКВЕНИРОВАНИЕ

СЕКВЕНИРОВАНИЕ

Слайд 8 СЕКВЕНИРОВАНИЕ

СЕКВЕНИРОВАНИЕ

Слайд 9 Если у вас 50 000 или 1 000

Если у вас 50 000 или 1 000 000/ 1 000

000/ 1 000 000 000 образцов ДНК?
МОДИФИКАЦИИ МЕТОДА СЕКВЕНИРОВАНИЯ

?????

Например: ищите полиморфизные мутации при раке легкого

Слайд 10 План:

Принципы секвенирования
Секвенаторы третьего покаления
Геном, геномика
Современное положение секвенирования
Базы данных

План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение

секвенирования и их применение

Слайд 11 Технология чипов

Технология чипов

Слайд 12 Технология чипов

Технология чипов

Слайд 13 Технология чипов
Massively Parallel Signature Sequencing (MPSS)
Polony sequencing
454 pyrosequencing
Illumina

Технология чиповMassively Parallel Signature Sequencing (MPSS)Polony sequencing454 pyrosequencingIllumina (Solexa) sequencingSOLiD sequencingIon

(Solexa) sequencing
SOLiD sequencing
Ion semiconductor sequencing
DNA nanoball sequencing
Heliscope single molecule

sequencing

Single molecule real time (SMRT) sequencing

Nanopore DNA sequencing

Sequencing by hybridization

Sequencing with mass spectrometry

Microfluidic Sanger s
equencing

Microscopy-based techniques

RNAP sequencing

In vitro virus high-throughput sequencing


Слайд 14 Секвенирование Illumina: принцип метода
1. ДНК фрагментируют и присоединяют

Секвенирование Illumina: принцип метода1. ДНК фрагментируют и присоединяют к фрагментам адаптеры2.

к фрагментам адаптеры
2. ДНК пропускают через каналы ячейки, покрытые

праймерами, комплементарными концам адаптеров

3. Через ячейку пропускают реагенты для достраивания второй цепи ДНК

4. Двуцепочечные фрагменты денатурируют

Стадии 3-4 повторяются 30-35 раз

6. Каждый фрагмент оказывается окружен группой идентичных молекул («кластеры»).

Слайд 15 Секвенирование Illumina - принцип метода
7. Через ячейку пропускают

Секвенирование Illumina - принцип метода7. Через ячейку пропускают реагенты (флуоресцентно меченые

реагенты (флуоресцентно меченые терминированные dNTP и полимеразу)
8. На ячейку

светят лазером и проводят съемку.

9. Через ячейку пропускают реагенты, отщепляющие флуорофор и терминатор

Слайд 16 Illumina (Solexa) sequencing

Illumina (Solexa) sequencing

Слайд 17 Illumina (Solexa) sequencing
1. Обнаружены точковые мутации при раке

Illumina (Solexa) sequencing1. Обнаружены точковые мутации при раке легкого (в сравнении

легкого (в сравнении со здоровыми)
Примеры результатов использования метода:
2.

Обнаружено свыше 50 000 новых полиморфизных мутаций

3. Просеквенировано 615 образцов ДНК больных неврологических заболеваний

4. Просеквенировано ДНК 50 случаев детского рака……….

Слайд 18 Высокопроизводительное пиросеквенирование (454)
Самая первая из технологий NGS

Высокопроизводительное пиросеквенирование (454)Самая первая из технологий NGS

Слайд 19 Секвенирование единичных молекул. Pacific Biosciences

Секвенирование единичных молекул. Pacific Biosciences

Слайд 20
Стоимость полногеномного секвенирования.

Стоимость полногеномного секвенирования.

Слайд 21 План:

Принципы секвенирования
Секвенаторы третьего покаления
Геном, геномика
Современное положение секвенирования
Базы данных

План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение

секвенирования и их применение

Слайд 22
Геном — совокупность наследственного материала, заключенного в клетке организма.

Геном — совокупность наследственного материала, заключенного в клетке организма. Термин «геном» был



Термин «геном» был предложен немецким ботаником Гансом Винклером в

1920 году (Hans Karl Albert Winkler, 1877 —1945).

Геном, геномика

Слайд 23 Иследования ДНК особенно интенсивно
пошли со

Иследования ДНК особенно интенсивно пошли со времени установления принципов

времени установления
принципов её построения.
Появилось много различных

методических подходов: специфическая фрагментация (рестриктазы), электрофорез и идентификация фрагментов, применение радиоактивных и флюоресцентных меток, получение большого количества копий (полимеразы).


Слайд 24
Рестриктазы – бактериальные
ферменты, расщепляющие
чужеродные

Рестриктазы – бактериальные ферменты, расщепляющие чужеродные ДНК в определённых последовательностях

ДНК в определённых
последовательностях нуклеотидов.

Сочетание всё совершенствующихся методов исследования

с компьютерной обработкой данных значительно снижало временные и финансовые затраты на расшифровку геномов различных объектов:



Слайд 25 Начали возникать проекты по
секвенированию (установление
последовательности

Начали возникать проекты по секвенированию (установление последовательности ) геномов отдельных видов

) геномов отдельных видов живых организмов.


Первым,

в 1977 году, был
полностью секвенирован геном
бактериофага Φ-X174 (5 368 нп).
Затем последовали и другие
объекты…

Слайд 26 1980—1990 годы:постепенно, в молекулярной биологии выделился раздел,

1980—1990 годы:постепенно, в молекулярной биологии выделился раздел, изучающий геном и гены

изучающий
геном и гены = геномика (установление структуры и выяснение

механизма функционирования генома в живых системах)
К этому времени были изучены фрагменты ДНК человека, накопилось много сведений о наследственных заболеваниях в мировом сознании (прежде всего в медицинских кругах) зрела мысль о необходимости скорейшего исследования генома человека.

Слайд 27 В 1988 г. на базе

В 1988 г. на базе Национального Института Здравоохранения США стартовал

Национального Института
Здравоохранения США стартовал проект
программы «Геном человека».



Затем он стал международным, к которому
присоединились ведущие лаборатории многих
стран, главным образом:
Великобритании Франции
Германии Японии
России
В 2003 г. проект был успешно завершён.

Слайд 28 23 пары хромосом у человека, в сумме 46

23 пары хромосом у человека, в сумме 46 хромосом2 метра ДНК3

хромосом
2 метра ДНК
3 миллиарда нуклеотидов
Приблизительно 30 000 генов кодирующих

белки

Геном человека

Слайд 29 Проект «геном человека»
выявлено не менее 1.5 миллиона мутаций,

Проект «геном человека»выявлено не менее 1.5 миллиона мутаций, покоторым геномы людей отличаются друг от друга

по
которым геномы людей отличаются друг от друга

Слайд 30 Проект «геном человека»

Проект «геном человека»

Слайд 31 Что дала геномика?

 oгромный объем информации по первичным
структурам

Что дала геномика? oгромный объем информации по первичнымструктурам ДНК. понимание молекулярных

ДНК.

 понимание молекулярных механизмов заболеваний;

 новые подходы в создании

лекарств, новые
диагностические тесты, генная терапия;

 трансгенные животные и растения.

 недостаток геномики –

Мы знаем весь геном, но не знаем, что реально
экспрессируется и что реально работает в клетке

+

+

+

+

+

Слайд 32 План:

Принципы секвенирования
Секвенаторы третьего покаления
Геном, геномика
Современное положение секвенирования
Базы данных

План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение

секвенирования и их применение

Слайд 33


ПЕРВЫЕ ЛЮДИ С ИНДИВИДУАЛЬНЫМИ ПРОЧИТАННЫМИ ГЕНОМАМИ

ПЕРВЫЕ ЛЮДИ С ИНДИВИДУАЛЬНЫМИ ПРОЧИТАННЫМИ ГЕНОМАМИ

Слайд 34 Людей
Животных
Растений
Бактерий
Геномные базы данных

ЛюдейЖивотныхРастенийБактерийГеномные базы данных

Слайд 35 Наша геномная эра является свидетелем взрыва объема

Наша геномная эра является свидетелем взрыва объема биологической информации доступной

биологической информации доступной из-за гигантским достижениям в области молекулярной

биологии и геномики

Слайд 36 автоматическая расшифровка нуклеотидных последовательностей -> ИНФОРМАЦИОННЫЙ ВЗРЫВ

автоматическая расшифровка нуклеотидных последовательностей -> ИНФОРМАЦИОННЫЙ ВЗРЫВ

Слайд 37 План:

Принципы секвенирования
Секвенаторы третьего покаления
Геном, геномика
Современное положение секвенирования
Базы данных

План:Принципы секвенированияСеквенаторы третьего покаленияГеном, геномикаСовременное положение секвенированияБазы данных секвенирования и их применение

секвенирования и их применение

Слайд 38 Одним из механизмов генетического разнообразия является изменение «буквы»

Одним из механизмов генетического разнообразия является изменение «буквы» генетического кода (СНП

генетического кода (СНП - сингулярный нуклеотидный полиморфизм; SNP -

single nucleotide polymorphism).

Полагают, что у человека СНП встречается с частотой 0,1%, т.е. конкретный человек отличается от других одним нуклеотидом на каждую тысячу нуклеотидов.

Слайд 39 Для SNPs существует большое количество баз данных
dbSNP
SNPedia
GWAS Central
International

Для SNPs существует большое количество баз данныхdbSNPSNPediaGWAS CentralInternational HapMap ProjectMirSNPБольшинство генов

HapMap Project
MirSNP
Большинство генов в каждом организме представлено двумя аллелями,

один из которых унаследован от отца, а другой - от матери. Если оба аллеля идентичны, то организм считается гомозиготным, если разные - гетерозиготным .


Слайд 40 SNP могут быть причиной наследственных заболеваний:
Некоторые заболевания:

SNP могут быть причиной наследственных заболеваний:Некоторые заболевания:

Слайд 41 SNP используют как маркеры наследственных заболеваний:

Некоторые заболевания:

SNP используют как маркеры наследственных заболеваний:Некоторые заболевания:

Слайд 42

Слайд 43
http://www.ebi.ac.uk/2can/bioinformatics/bioinf_realworld_1.html

Молекулярная медицина:

1. Поиск мишеней для конструирования лекарственных
молекул

2. Персонализированная

http://www.ebi.ac.uk/2can/bioinformatics/bioinf_realworld_1.htmlМолекулярная медицина:1. Поиск мишеней для конструирования лекарственныхмолекул2. Персонализированная медицина3. Профилактическая медицина4. Генная терапия

медицина

3. Профилактическая медицина

4. Генная терапия

Слайд 44 Молекулярная медицина

1. Персонализированная медицина
http://www.ornl.gov/hgmis/medicine/pharma.html

2. Профилактическая медицина
http://www.ornl.gov/hgmis/medicine/genetest.html

3. Генная терапия
http://www.ornl.gov/hgmis/publicat/hgn/v10n1/15wilson.html
http://www.fda.gov/fdac/features/2000/gene.html
http://www.wiley.co.uk/genetherapy/clinical/
http://cis.nci.nih.gov/fact/7_18.htm
http://www.ornl.gov/hgmis/medicine/tnty.html
http://www.faseb.org/opar/newsletter/jun98/junx5.html

Молекулярная медицина1. Персонализированная медицинаhttp://www.ornl.gov/hgmis/medicine/pharma.html2. Профилактическая медицинаhttp://www.ornl.gov/hgmis/medicine/genetest.html3. Генная терапияhttp://www.ornl.gov/hgmis/publicat/hgn/v10n1/15wilson.htmlhttp://www.fda.gov/fdac/features/2000/gene.htmlhttp://www.wiley.co.uk/genetherapy/clinical/http://cis.nci.nih.gov/fact/7_18.htmhttp://www.ornl.gov/hgmis/medicine/tnty.htmlhttp://www.faseb.org/opar/newsletter/jun98/junx5.html

Слайд 45 Археогенетика
анализ ДНК, полученной из археологических останков (древней ДНК, англ. aDNA);

Археогенетика анализ ДНК, полученной из археологических останков (древней ДНК, англ. aDNA); анализ ДНК современных

анализ ДНК современных популяций (людей, домашних растений и животных)

с целью изучения человеческого прошлого и генетического наследия взаимодействия человека с биосферой;

Период полураспада ДНК – 521 год
ДНК полностью теряет читабельность через 1,5 миллиона лет (в вечной мерзлоте и пещерах – дольше) (оставшиеся короткие фрагменты нечитабельны)
Кости полностью разрушаются через 6,8 миллиона лет

ДНК неардентальца просеквенирована на 60%

Слайд 46 Переселение народов
(теории миграции)

Переселение народов(теории миграции)

Слайд 47 Анализ ДНК азиатских народов
Каждый 12 монголец ♂– потомок

Анализ ДНК азиатских народовКаждый 12 монголец ♂– потомок Чингисхана Анализ Y-хромосом(казахи

Чингисхана
Анализ Y-хромосом
(казахи ♂ – каждый сотый; калмыки, буряты...)


Китайские ученые просеквенировали ДНК Чингисхана в 2011 году

(Официально: 3 жены = 8 сыновей и 5 дочерей)

Слайд 48 Прородители людей (Адам и Ева)
Анализ Y-хромосом
Анализ ДНК митохондрий

Прородители людей (Адам и Ева)Анализ Y-хромосомАнализ ДНК митохондрий

Слайд 49

  • Имя файла: sekvenirovanie.pptx
  • Количество просмотров: 206
  • Количество скачиваний: 2
- Предыдущая Процесс электролитической диссоциации
Следующая - музыкальная асбука

Похожие презентации

Втома і відновлення Втома і відновлення 151
Рентгеновская и позитронная томография Рентгеновская и позитронная томография 140
Алиментарлық дистрофия. Алиментарлық маразм. Квашиоркор Алиментарлық дистрофия. Алиментарлық маразм. Квашиоркор 155
Термические поражения Термические поражения 124
Руки, как фактор передачи госпитальной инфекции Руки, как фактор передачи госпитальной инфекции 108
Микробиология Микробиология 343
ЗНАЧЕНИЕ НЕРВНОЙ СИСТЕМЫ ЗНАЧЕНИЕ НЕРВНОЙ СИСТЕМЫ 184
Основы медицинской статистики Основы медицинской статистики 175
Возрастные изменения органа зрения Возрастные изменения органа зрения 118
Жүйелі қызыл жегі Жүйелі қызыл жегі 158
Коматозные состояния при сахарном диабете. Кетоацидоз. Кетоацидотическая и гипогликемическая комы. Диагноз. Лечение Коматозные состояния при сахарном диабете. Кетоацидоз. Кетоацидотическая и гипогликемическая комы. Диагноз. Лечение 107
Компьютерная томография. Устройство томографа. Принцип работы Компьютерная томография. Устройство томографа. Принцип работы 131
Классическая системология дизонтогенеза Классическая системология дизонтогенеза 131
Первая медицинская помощь при инсульте Первая медицинская помощь при инсульте 158
Листерии Листерии 126
Общий уход за детьми в хирургическом отделении Общий уход за детьми в хирургическом отделении 108
Повреждения бедра и коленного сустава Повреждения бедра и коленного сустава 314
Проводящая система сердца Проводящая система сердца 133
Быстропрогрессирующий гломерулонефрит Быстропрогрессирующий гломерулонефрит 122
Запалення Запалення 139
Гнойно-септические инфекции у новорожденных Гнойно-септические инфекции у новорожденных 116
Общественное здоровье: основные понятия, факторы риска, показатели оценки Общественное здоровье: основные понятия, факторы риска, показатели оценки 147
Клиническая интерпретация общего анализа крови Клиническая интерпретация общего анализа крови 150
МЕХАНИЧЕСКАЯ ТРАВМА МЕХАНИЧЕСКАЯ ТРАВМА 174
Жоғарғы және төменгі жақ остеомиелиті Жоғарғы және төменгі жақ остеомиелиті 195
Основные понятия диетологии Основные понятия диетологии 134
Алгоритм лабораторной диагностики сифилиса Алгоритм лабораторной диагностики сифилиса 141
Сердечно-сосудистые риски Сердечно-сосудистые риски 150
РЕВМАТОИДНЫЙ АРТРИТ РЕВМАТОИДНЫЙ АРТРИТ 150
Тугоухость Тугоухость 128