Презентация на тему Секвенирование ДНК

фрагмента ДНК.
Т.е секвенирование представляет собой определение нуклеотидной последовательности фрагмента

ДНК путем получения серии комплементарных молекул ДНК

клоном» или BAC to BAC)
Конструирование геномных библиотек
Отбор коллекции перекрывающихся

клонов + физическое картирование
Секвенирование отобранных клонов
Аннтотация генома

состоящий из расщепления их на короткие перекрывающиеся фрагменты, клонирования последних

в секвенирующий вектор, определения последовательностей множества клонированных фрагментов и компьютерной сборки полученных последовательностей в единую структуру на основании нахождения перекрываний между ними.

секвенирование случайных клонов
Компьютерная сборка перекрывающихся участков секвенированных фрагментов
Финиширование :

секвенирование оставшихся пробелов
Аннотация генома

ДНК, которые используются для секвенирования .

Существует 2 варианта

конструирования этих библиотек :
In Vivo – характерно для методик I поколения, ПРЕИМУЩЕСТВА: библиотеки созданные in vivo можно использовать и для других вещей, например в картировании геномов
Относят иерархический подход
In vitro – характерно для методик II поколения, удобнее использовать
Относят шотган – подход
При конструировании геномных библиотек используют фаговые и плазмидные вектора.

геноме гена или генетического маркера на основании его наследования

в родословных по косегрегации с генами/маркерами известной локализации.
Непрямой метод, т.к. основывается на корреляции между признаком и участком хромосомы при передаче в ряду поколений или клеточных клонов.
Физическое картирование - локализация гена или генетического маркера на основе анализа физического носителя генетической информации (хромосомы, молекулы ДНК)
Типы физических карт:
Сегменты хромосомы при дифференциальном окрашивании
Карта рестрикционных сайтов (рестрикционная карта)
Упорядоченная библиотека клонов
Последовательность оснований

структурных характеристик генома; местонахождение кодирующих участков генов в геноме, регуляторных элементов , регулирующих

транскрипцию и другие функции генома, особенностей функционирования генома, в частности тканеснецифичности экспрессии генов и других функциональных свойств генома.

поколения
Roche - 454
Illumina – GA II
SOLiD
Технологии секвенирования третьего поколения
Helicose
PacBio
Illumina

= HiSeQ, MiSeq
Ion Torrent
Oxford Nanopore

цветов. Модификация нуклеотидов не позволяет ДНК-полимеразе присоединить больше одного

нуклеотида. Флюоресценция инициируется коротким импульсом лазера и тип присоединенного нуклеотида определяется по цвету флюоресцентной метки. Модификация нуклеотида блокируется (полимераза теперь может двигаться дальше) и цикл повторяется снова

является методом секвенирования ДНК основанным на обнаружении ионов водорода, которые выделяются во

время полимеризации ДНК. Эта технология также называется рН-индуцированным секвенированием.

технология нового поколения секвенирования ДНК, развиваемая компанией Life Technologies

(http://www.solid.appliedbiosystems.com), коммерчески доступна с 2006 года. SOLiD позволяет секвенировать разом сотни миллионов и даже миллиарды коротких последовательностей. По технологии SOLiD при секвенировании фрагменты ДНК лигируются на олигонуклеотидные адаптеры, прикрепленные к шарикам, далее они амплифицируются с помощью эмульсионной ПЦР.

тока ионов через единичную нанопору в непроводящей мембране. При

прохождении через эту пору нуклеотидов ток падает. Время, на которое изменяется ток ионов, и величина этого падения зависят от того, какой нуклеотид в данный момент находится внутри поры.